Cada grupo de residuos sigue un proceso de tratamiento y recogida diferenciado para garantizar la seguridad y el cumplimiento de la normativa. Las zonas de almacenaje deben estar adecuadamente acondicionadas.

1. Tratamiento de Grupos I y II: Estos residuos no peligrosos se entregan al servicio municipal de basuras o a gestores autorizados para su reciclaje o eliminación convencional.
2. Tratamiento de Grupo III A (infecciosos): Antes de su eliminación, deben ser desactivados para eliminar su peligrosidad, generalmente mediante autoclave o microondas.
3. Tratamiento de Grupos III B y III C: Los residuos químicos y citotóxicos (III B) y los radiactivos o anatomopatológicos (III C) son gestionados por organismos y empresas especializadas.
4. Zonas de Almacenaje Temporal: Los centros sanitarios deben disponer de salas específicas para residuos con señalización adecuada, ventilación, protección contra la intemperie y sistemas de retención de derrames.