La Junta de Andalucía es la institución en la que se organiza el autogobierno de la comunidad. Está integrada por:

• Parlamento de Andalucía: Representa al pueblo andaluz, ejerce la potestad legislativa, controla al gobierno y elige al Presidente de la Junta. Se compone de un mínimo de 109 diputados.
• Presidencia de la Junta: Ostenta la suprema representación de la Comunidad y la ordinaria del Estado en Andalucía. Dirige y coordina la actividad del Consejo de Gobierno.
• Consejo de Gobierno: Es el órgano que ejerce la dirección política y las funciones ejecutivas. Está compuesto por el Presidente/a, Vicepresidentes/as (en su caso) y Consejeros/as. Responde políticamente de forma solidaria ante el Parlamento.

Otras instituciones de autogobierno son el Defensor del Pueblo Andaluz, el Consejo Consultivo y la Cámara de Cuentas.