Los PGH y el plan APPCC no son sistemas independientes, sino que están intrínsecamente relacionados y se complementan para formar un sistema de autocontrol integral.

• Los PGH son los cimientos (Prerrequisitos): Establecen las condiciones higiénicas básicas y controlan los peligros generales del entorno de trabajo (una plaga, una superficie sucia). Si los PGH no se cumplen, el plan APPCC no puede funcionar correctamente.
• El APPCC es el control específico: Se enfoca en los peligros específicos y de alto riesgo asociados a cada producto o fase concreta del proceso que no pueden ser controlados suficientemente por los PGH.

Ejemplo práctico: Un plan de limpieza y desinfección (PGH) reduce la contaminación ambiental de la cocina. El control de la temperatura interna de un pollo asado para destruir la Salmonella (PCC del APPCC) asegura la seguridad específica de ese plato. Ambos son necesarios.