La implantación de un plan APPCC sigue una secuencia lógica de 12 etapas, que engloban los 7 principios.

Fases Preliminares (Etapas 1-5):

1. Formación del equipo APPCC.
2. Descripción del producto.
3. Identificación del uso previsto del producto.
4. Elaboración del diagrama de flujo del proceso.
5. Verificación "in situ" del diagrama de flujo.

Aplicación de los 7 Principios (Etapas 6-12):

6. Análisis de peligros (Principio 1).
7. Identificación de PCC (Principio 2).
8. Establecimiento de límites críticos (Principio 3).
9. Establecimiento del sistema de vigilancia (Principio 4).
10. Establecimiento de acciones correctoras (Principio 5).
11. Establecimiento de procedimientos de verificación (Principio 6).
12. Establecimiento de un sistema de documentación y registro (Principio 7).