La ACSA es la entidad certificadora de los estándares de calidad del Sistema Sanitario Público de Andalucía. El proceso de certificación que lleva a cabo consta de cuatro fases: preparación, autoevaluación, evaluación externa y certificación.

La Agencia desarrolla múltiples Programas de Acreditación para los diferentes elementos del sistema sanitario:

• Centros asistenciales (Hospitales, centros de atención primaria, de especialidades).
• Unidades de gestión clínica (UGC).
• Competencias profesionales.
• Unidades de Formación continuada y de Investigación.
• Páginas web sanitarias.
• Unidades de Hemodiálisis y Oficinas de Farmacia.

Estos programas comparten la misma estructura de grados (avanzada, óptima, excelente) y fases del proceso, con una validez de cinco años.