Tras la recepción, el material debe ser correctamente almacenado y su movimiento controlado.

• Guardado de la mercancía: Se procede al almacenamiento siguiendo criterios de clasificación (tamaño, caducidad, uso clínico) para facilitar su localización. A cada producto se le asigna un código.
• Mapa de almacén: Es la clasificación de las zonas del almacén (recepción, estanterías, preparación, expedición) para organizar el flujo de materiales.
• Gestión de stock: Es una de las labores más importantes. Su objetivo es garantizar la disponibilidad de un stock físico fiable, controlando las existencias para evitar el desabastecimiento.
• Reaprovisionamiento: Control de los movimientos internos (colocación y reposición en estanterías) y externos (entradas y salidas).
• Control económico: Función de la Unidad de Intervención, que supervisa el cumplimiento de los presupuestos y las normas de contratación.