La desinfección busca reducir los microorganismos a un nivel no dañino. Se clasifica en niveles según su capacidad de destrucción:

• Desinfección de alto nivel: Elimina bacterias, virus, hongos y bacilos de la tuberculosis, e incluso esporas en ciertas circunstancias. Se usan productos como el glutaraldehído o el ácido peracético.
• Desinfección de nivel intermedio: Tiene las mismas características que el alto nivel, pero no es activo frente a las esporas.
• Desinfección de bajo nivel: Activa solo contra bacterias vegetativas, algunos hongos y virus lipídicos. Se usan compuestos como el alcohol 70° o el amonio cuaternario.

También se distingue entre:

• Desinfección final o terminal: La que se realiza al alta del paciente, especialmente si padecía una enfermedad infecciosa.
• Desinfección concomitante o concurrente: La que se realiza de forma continua mientras el paciente está ingresado.