La autoridad sanitaria (Agentes de Control Sanitario Oficial - ACSO) es la responsable de supervisar que las empresas aplican correctamente sus Sistemas de Autocontrol.

• Técnica de Supervisión: La principal herramienta de control es la auditoría.
• Frecuencia: La periodicidad de las auditorías se establece según una clasificación del riesgo del establecimiento (de la A, más riesgo, a la E, menos riesgo), siendo más frecuentes en los de mayor riesgo.
• Flexibilidad: La normativa permite adaptar los requisitos a las pequeñas empresas. En Andalucía, se aplican criterios de flexibilidad para que establecimientos de bajo riesgo (ej. carnicerías o comedores sin cocina) puedan basar su seguridad únicamente en los Planes Generales de Higiene (PGH), sin necesidad de desarrollar un Plan APPCC completo.