El Sistema de Autocontrol es el conjunto de procedimientos y controles que la propia empresa alimentaria diseña y aplica para asegurar la inocuidad de los alimentos que sirve. Su enfoque es totalmente preventivo, es decir, busca anticiparse a los peligros antes de que ocurran.

Este sistema debe estar documentado, ser específico para cada establecimiento y se compone de dos partes fundamentales que funcionan de manera jerárquica:

1. Planes Generales de Higiene (PGH): También llamados prerrequisitos, son los cimientos del sistema. Constituyen las prácticas de higiene básicas que deben funcionar correctamente en todo momento.
2. Plan de Análisis de Peligros y Puntos de Control Crítico (APPCC): Es el sistema específico que se construye sobre la base sólida de los PGH para controlar los peligros más significativos.